Bien qu'il n'y ait pas beaucoup d'établissements pour dormir à San Millán de la Cogolla, l'offre d'hébergement de la localité est solide et de qualité. La Hosteria de San Millan est l'une des principales offres d'hébergement et elle est situé dans le monastère de Yuso, un bâtiment plein d'histoire et d'art. La «Hosteria» dispose d'un total de 25 chambres entièrement meublées avec un goût classique, avec des vues sur la montagne, téléviseur, WiFi gratuit et même une carte d'oreillers. En outre, il présente une série de services additionnels entre lesquels on souligne un bon restaurant de cuisine régionale et les infrastructures nécessaires pour célébrer entre ses murs toutes sortes d'occasions spéciales.
Un autre établissement recommandable est La Calera, un hôtel rural qui dispose de chambres confortables et parfaitement conditionnées. Elles disposent toutes du chauffage, de poutres apparentes au plafonds, de parquet, d'une télévision et d'une grande salle de bain. Il convient de mentionner qu'ils ont des installations de qualité marquées par la présence de plusieurs attractifs telles que de grands jardins et un bain à hydromassage dans certaines des chambres.
La Posada de San Millán, est un autre établissement recommandé à l'heure de dormir à San Millán de la Cogolla. Il se trouve dans les anciens jardins clos du monastère de Yuso. Il offre à ses clients des chambres confortables pour y profiter de la vue sur la ville. Toutes sont équipées de chauffage, téléviseur et salle de bain privée. Il offre également la possibilité d'organiser des activités dans les environs.