Il y eut d’abord un castro celtibère (cité fortifiée) près du mont de 1200 m. d’altitude sur le quel les romains installèrent leur camp vers le 153 av.J.C., devenant par la suite la cité Occilis pour la quelle l’exploitation des grandes salines proches apportèrent de grand bénéfice. De plus elle était située au croisement des Voies reliant les villes de Tolède et Burgo de Osma avec Saragosse.
C’est au Xe siècle que Salim ibn Waramai, sur ordres du calife Abderraman III la fortifie et lui donne le nom de Medina Al-Salim «Ville de Salim» ou «du Ciel» en faisant la capitale de la dite Marca Media, zone frontière avec les chrétiens au nord du Système Central. La configuration urbaine actuelle des ruelles étroites date de cette période. Des années plus tard, ce fut la base depuis la quelle Almanzor réalisa ses attaques dévastatrices contre les royaumes chrétiens. On dit même qu’il y aurait été enterré (en un lieu inconnu) avec ses trésors en aout 1002.Lors de la chute du Califat de Cordoue, la lignée des Banu Salim s’y établit. Ils renforceront les défenses avec des tours de guet étant alors la seule place forte de la zone aux mains des musulmans. C’est à ce moment que s’y rendit le Cid Campeador qui tua en combat singulier un chevalier musulman. La précision des informations sur Medinaceli dans le «Cantar de Mio Cid» fait penser que l’auteur pourrait être originaire de la région.
Au cours de l’année 1104, les troupes castillanes sous les ordres de Alvar Fañez en font enfin la conquête. Perdue à nouveau elle sera reprise définitivement par le roi Alfonso I de Aragon, époux de la reine Urraca de Castille. En 1127, après la mort de son épouse Alfonso célébra la Paix de Tamara avec son beau fils le roi Alfonso VII de Castille lui remettant Medinaceli. Ce roi donna un nouveau statut juridique à sa nouvelle place frontière avec l’Aragon pour en augmenter la population avec des partisans loyaux à sa personne.
En tant que ville frontière elle resta sous la domination de la couronne jusqu’à 1371 quand le roi Enrique II créa le comté de Medinaceli pour récompenser l’un des chevaliers français qui l’avait aidé à monter sur le trône: Bernard de Bearne, fils batard du Comte de Foix. Qui se mariera par la suite avec Isabelle de la Cerda, arrière petite fille de l’infant de Castille Fernando de la Cerda. Ce nom sera adopté par les comtes de Médinaceli au lieu du nom français, coutume dite de «realce de parentesco» (choix du nom de famille le plus illustre).
Place de la Villa (Editions Vistabella)
En 1479, les Rois Catholiques passèrent le comté en duché et il y eut une longue étape au cours de la quelle on abattit les constructions médiévales maures et chrétiennes, les remplaçant par des édifices renaissance et baroque tout au long de deux siècles de développement économique. De nombreuses familles de petite noblesse s’installèrent à Medinaceli y construisant des demeures que l’on reconnait à leurs blasons. Lors de la Guerre d’Indépendance, l’Empecinado opposa résistance aux français depuis cette place.
Son éclat et le mélange de cultures furent loués par la Génération du 98. Gerardo Diego affirma que la ville était «intouchable pour les hordes mais ouverte aux anges». L’écrivain Ezra Pound, qui ressentait une certaine fascination pour le Cid, y séjourna par deux fois. Un monument en son honneur y fut édifié.
En 1963 elle fit déclarée Bien d’Intérêt Culturel, catégorie Ensemble Historique. Au XXIe siècle on y a incorporé Le Centre Medinaceli DEARTE.