L’histoire de Cuenca commence sous la domination des arabes qui utilisant la situation stratégique des terres sises entre les gorges des deux rivières qui la bordent y construisirent un château qu’ils dénommèrent Conca, au sein de la «cora» de Santaver (division territoriale du Califato de Cordoba). La place prit de l’importance et le nombre de la population s’accrut, au point de disposer d’alcazar, plaza mayor et mosquée. Bien que la splendeur des Omeyas favorisa la ville avec une industrie agricole et textile croissante, les combats de la reconquête et la disparition du Califat de Cordoue en 1031 en firent une simple place forte de la frontière.
Après neuf mois de siège, le 21 septembre 1177, Alfonso VIII en prit possession. La tradition raconte que le berger Martin Alhaya aurait fait passer quelques soldats chrétiens recouverts de peaux de moutons entre le troupeau qui fournissait de viande la garnison par la porte de Aljaraz. Ils surprirent les gardes et ouvrirent les portes au reste de l’armée.
La conquête achevée, On y établit un siège épiscopal et un Conseil régi par les Actes Fameux de Cuenca, rédigés en 1190, et dont les 950 lois lui donnaient une valeur si pratique qu’ils furent étendus à bien d’autres populations. Le roi résida dans la ville pendant dix ans, entreprenant les œuvres de transformation de la mosquée en cathédrale. Travaux qui se prolongeraient bien en avant du XIVe siècle. Le principal promoteur en serait l’évêque Julian, dont les restes furent déposés dans une urne d’argent dans une chapelle à lui consacrée. Canonisé par la suite, il contribuerait ainsi à la venue massive de pèlerins et le temple aurait le nom définitif de cathédrale de Santa Maria et de San Julian.
Comme sous les musulmans, la production textile et l’élevage apporteraient à la ville une certaine splendeur économique qui laisserait sa trace dans sa trame urbaine qui s’étendit hors des murailles, créant les quartiers de San Anton et de Tiradores. Dans le cadre des disputes entre le roi Alfonso XI et son oncle l’infant Don Juan Manuel, Cuenca fit parti pendent quelques années de la seigneurie de Villena, revenant par la suite sous l’égide de la couronne.
Pendant les XVe et XVIe siècles, les nobles et le clergé donneront à la ville une grande soif de constructions : Palais, monastères et paroisses surgirent, comme reflet de l’importance politique, économique et sociale. Ce qui attira des artistes et artisans, comme le célèbre et polémique «jamete», sculpteur français qui entre 1546 et 1550 réalisa le portail monumental (renaissance) qui unit le bras du transept de la cathédrale avec le cloître: l’arc dit de Jamete, qui est encore l’élément le plus spectaculaire de la cathédrale.
Un siècle plus tard, le déclin de l’industrie textile du drap conduira Cuenca à une décadence économique et démographique qui durera jusqu’au XXe siècle.
Le 15 juillet 1874 la ville vécut l’un de ses moments des plus insolites : elle fut attaquée par les troupes carlistes du centre, commandées par l’infant Alfonso de Bourbon, accompagné par son épouse Maria de las Nieves de Braganza. Durant les quelque jours de leur séjour, ils dévalisèrent la ville de telle façon, que leur visite est connue sous le nom de «Mise à sac de Cuenca».
Vue anciènne de la Place de Canovas
Encore plus violentes furent les destructions et les vols dans les temples de Cuenca de la part des miliciens anarchistes en juillet 1936. Sans soulèvement, ni ennemis armés aux quels faire face, les miliciens se mirent à assassiner les gens de droite et à dévaliser la cathédrale, ils sortirent de leur urne les restes de San Julian, les brûlant ensuite.
Après une restauration forte couteuse, la ville a récupéré son centre historique impressionnant déclaré Patrimoine de l’Humanité par l’UNESCO.