Un peuplement celte-ibère était déjà installé tout en haut de la colline de Villavieja, sur la rive droite de l’Henares: delà son nom qui signifie «celle qui domine la vallée». Les carthaginois Annibal et Asdrubal l’attaquèrent. Vers l’année 133 a.C. les romains la refondent dans la plaine de la rivière Segontia, en tant que point de passage de la Chaussée qui va de Henares à Saragosse.
Détruite à nouveau par les Visigoths elle fut reconstruite avec une citadelle et tout un quartier juif qui occupaiit la colline où se trouve le château. Ce fut un siège épiscopal qui dépendait de l’archidiocèse de Tolède. En 712, les musulmans construisirent au même endroit leur alcazaba.
Le moine clunisien français, Bernard d’ Agen est consacré en 1121 évêque de Sigüenza, mais «en terres infidèles»: Il devait tout d’abord conquérir lui-même son diocèse, ce qu’il fit, prenant l’alcazaba de Sigüenza trois ans plus tard. L’évêque Bernard commença immédiatement à construire sa cathédrale. Le roi Alfonso VII, cèda sa souveraineté à l’église lui donnant aussi les chartes de peuplement (le roi se réservait cependant le château qui dominait la localité). Dès lors, le développement de la contrée dépendait du pouvoir et de la capacité de ses évêques.
Sigüenza était un territoire de la famille des Mendoza, l’une des plus puissantes de Castille, toujours fidèle à ses rois. En 1456, le roi Enrique IV donna l’évêché de Sigüenza à Pedro Gonzalez de Mendoza (cinquième fils du Marquis de Santillana, destiné depuis l’enfance à la carrière ecclésiastique). Son pouvoir fut encore accru par sa nomination comme cardinal d’Espagne et son rôle de «troisième roi» pendant la première étape du règne des Rois Catholiques, ce qui répercuta sur sa chère Sigüenza. Voila pourquoi en 1476 on y fonda le Grand Collège de San Antonio de Portaceli, que la bulle papale de 1489 transforma en «collège Universitaire» (le premier) en Espagne. Le nombre de chaires fut augmenté et son développement continua tout au long du XVIe siècle; ensuite il déclinât jusqu’à devenir un centre de seconde catégorie où ne venaient que les étudiants aux recours économiques restreints. Il continua malgré tout jusqu’à ce que en 1824, l’université de Alcala de Henares l’absorbat.

Image anciènne de la Rue de San Roque (Edition Rodrigo)
Sigüenza souffrit beaucoup au cours de la Guerre de 1936. Le 24 juillet, les miliciens l’occupent, assassinant l’évêque et certaines personnalités de droite, détruisant un bon nombre d’objets religieux. Entre le 7 aout et le 15 octobre, les troupes franquistes attaquent la ville, détruisant une partie de ses monuments jusqu’à la conquérir.