L’histoire de Elizondo commence en 1025 avec l’instauration de la Seigneurie de Baztan dans la personne de Semen i Ochoaniz, avec les premiers documents sur l’existence d’un ensemble de fermes autour de l’église.

Elizondo, en basque signifie « près de l’église » et ce groupe de peuplement devint peu à peu capitale de la vallée.

C’est une zone stratégique qui relie la Navarre du sud (Hegoalde) avec les domaines d’au-delà des cols (Iparralde).Ce qui fit que en 1397, le roi Carlos III nomma gentilshommes à un grand nombre d’habitants des villages. Devenant des hommes libres, leur dépendance du Seigneur de Baztan était ainsi bien réduite.

En 1512, les troupes du parti “beamontes » ( navarrais partisans du roi de Castille), castillans et basques  firent la conquête de la Navarre depuis le sud et établirent une garnison dans le château de Amaiur situé sur le mont Gaztelua, tout proche. De là, ils contrôlaient la nouvelle frontière entre la Navarre castillane et celle qui était restée fidèle à la dynastie des Albret. Les années 1512, 1516 et 1521,  la vallée et son château furent les scènes de batailles, changeant plusieurs fois de propriétaires. En juillet 1522, une petite garnison de quelques 200 agramonteses (navarrais fidèles aux Albret) fut encerclée par toute une armée de beamonteses et castillans. Après plusieurs jours de combats, la forteresse capitula le 22 juillet et les défenseurs furent transférés à Pamplune où le commandant Jaime Velaz Medrano et sont fils furent empoisonnés. Pour éviter que le château  serve de base à de nouvelles attaques il fut démoli peu après.

En 1603, un nouveau pouvoir populaire important s’érigea à partir des « Nouvelles Ordonnances, réserves et paramètres de la noble vallée et université de Baztan » Des Assemblées Générales furent établies aux quelles tous les citoyens participaient pour élire leur maire.

Le fait que la plus part des habitants étaient gentilshommes fit que un bon nombre d’entre eux firent carrière dans l’armée ou la bureaucratie de la Monarchie Hispanique pendant l’histoire de Elizondo. Signalons en particulier Juan de Goyeneche, fondateur du premier journal d’Espagne, politicien et promoteur du palais et de la fabrique du Nouveau Baztán dans les environs de Madrid.

Les habitants de la vallée du Bazton ont une réputation de  noblesse qui a passé dans la littérature. Dans Carmen, de Prosper Mérimé(œuvre écrite en 1845), apparait un personnage qui se présente : « Moi, monsieur, je suis né à Elizondo, dans la vallée du Baztan. Mon nom est don Jose Lizarrabengoa. Vous connaissez suffisamment mon pays pour savoir que je suis basque de par mon nom et mon sang et que je suis vieux chrétien. Si je pose le don avant mon nom ce n’est pas par présomption ou caprice, mais bien parce que je suis gentilhomme. Dans ma demeure de Elizondo, vous pourrez contrôler le parchemin établissant ma lignée. »

De nos jours, Elizondo est une ville moderne sous tous ses aspects tout en conservant dans sa vieille ville la saveur des grandes lignées familiales de son passé. L’église de Santiago actuelle fut construite au XXe siècle sur un édifice antérieur du XVIe  qui, à la suite des inondations de 1913 dût être reconstruit  car le restaurer était impossible. D’apparence néo gothique ses pierres   des bases extérieures sont les typiques pierres rouges habituelles dans la région. Elle comporte deux tours carrées achevées par de petites coupoles. Sa façade porte de belles statues polychromes.

L’édifice le plus représentatif de la ville et icône de l’architecture nobiliaire de la vallée est le Palais Arizkunenea.  Miguel de Arizcun, 1^er marquis de  Iturbieta en commanda la construction au XVIIe siècle. En forme de U, on en remarque la façade retirée en pierre avec au centre un grand écu d’armes avec plusieurs motifs ornementaux : animaux, fleurs et cornes d’abondance. Il accueille de nos jours diverses activités culturelles. Il est situé dans la rue Jaime Urrutia, avec ses arcades bien connues  immortalisées par Javier Ciga et axe culturel de Elizondo. Il fau t aussi voir la Mairie de Elizondo, centre administratif de toute la vallée de Baztan. C’est un édifice baroque construit en 1696, influencé par le Palais de Jaiola de Elvetea. De pierres rouges et blanches il dresse ses trois étages achevés par un grand avancé de bois. La Casa Istekonea est importante aussi, elle est reliée à Pedro de Mendinueta y Muzquiz, vice roi de Nouvelle Grenade, né à Elizondo en 1736. Sa façade légèrement en retrait en comparaison aux ailes latérales porte un fronton triangulaire qui  la complète et coupe l’auvent. La Casa Arozarena comporte un portique en arcades au rez de chaussée  et un auvent coupé par trois chiens assis.  Sur son blason les armes représentées  démontrent le lien de famille avec la lignée du Palais de Arizkunenea.  Dans les environs, le Palais de Datue est la typiqye construction du Baztan. Ce fut la demeure de Agustin de Jauregui, vice roi du Pérou et gouverneur du Chili au XVIIIe siècle. Dans la Casa Puriosenea se trouve le Musée Ethnographique Jorge Oteiza, formé à partir de donations  particulières désintéressées des habitants. Sur trois étages, c’est tout un parcours entre les formes de vie traditionnelles du Baztan. Le second étage offre de plus une exposition permanente de l’œuvre du peintre Javier Ciga.

Elizondo n’est qu’à quelques kilomètres du Parc Naturel du Señorio de Bertiz ; un espace qui a appartenu à la lignée homonyme jusqu’à 1898, moment où il fut acquis et remodelé pour sa cession postérieure à la Communauté Forale de Navarre. Il s’y trouve une riche collection botanique  diverse.

La grande spécialité gastronomique de Elizondo est son Urrakin Egina (littéralement « fait de noisettes »), un gâteau à base de chocolat artisanal fourré de noisettes entières, qui fera les délices des gros gourmands.