L’église San Vicente Martir de Abando fut fondée au XIIe et les paysans des environs s’y réunissaient pour élire leurs représentants. En 1300, Diego Lopez de Haro V fonda la ville de Bilbao dans un méandre de la rive droite de la Ria, sur des terrains pris sur l’église de Begoña créant ainsi un litige qui dura des siècles. Ce choix avait quatre avantages: c’était le site le plus au sud de la rivière Ibaizabal (bien que les gens de Bilbao préfèrent attribuer ce caractère au Nervion, mais malgré cette petite erreur, les choses en sont restées ainsi), On pouvait traverser à pied sec d’une rive à l’autre à marée basse, À la pleine mer, la marée permettait l’accès aux navires depuis le Cantabrique (à 14 kms) et enfin ce lieu était à l’abri des attaques corsaires (si fréquentes pendant des siècles,) Autre point à faveur: port plus proche de la Castille que le rival Bermeo.
En 1310, Maria Diaz de Haro donna à Bilbao une nouvelle «Lettre de Privilèges» qui obligeait tous les commerçants venant de Castille vers la mer à traverser la ville. Elle lui donna de plus une ample juridiction pour contrôler tout le commerce descendant le Nervion vers le Cantabrique, évitant ainsi la concurrence des autres villes. Au fil des ans, la ville devint aussi une étape du Chemin de Saint Jacques.
C’est au XVe siècle que furent élaborés les premiers plans d’agrandissement urbanistes, ajoutant quatre rues nouvelles aux trois principales du centre ville (Somera, Artecalle et Tenderia). C’est là l’origines des célèbres «Sept Rues de Bilbao», perpendiculaires à la ria menant jusqu’aux flancs du Begoña.
Le coup de pouce définitif arriva en 1511, quand Juana I de Castille donna à la ville la catégorie de «Consulado» («Casa de contratacion» et salle de justice pour les commerçants de mer et de terre), obtenant ainsi tout le contrôle sur la Ria et le Monopole du commerce des draps et des laines de Castille. Bilbao l’enleva à Portugalete, ce qui provoqua une grande quantité de procès entre les deux villes. Dès lors, Bilbao était devenu l’un des principaux ports d’Espagne appuyé de plus par toute l’industrie navale qui s’était établie dans la Ria.
Bilbao devint la nouvelle capitale de Vizcaya en 1602, au détriment de Bermeo
Aux tous débuts de la Guerre d’Indépendance, la ville ne fut pas occupée, et en aout 1808, la population prit les armes, ce qui fit que l’armée française l’occupa quelques jours plus tard, la mettant à sac et exigeant des amandes énormes. Reprise par les patriotes quelques semaines plus tard, elle resterait en tension passant des uns aux autres pendant toute la guerre. En 1834, lors de la première Guerre Carliste elle fut l’objectif prioritaire des troupes de l’infant don Carlos à cause de son importance comme nœud urbain et libéral. Elle subit deux grands sièges lors de cette lutte. Au cours du premier, Tomas de Zumalacarregui y fut blessé à mort. Au cours du second les troupes libérales de Espartero le gagnèrent. En avril 1874, au cours de la Troisième Guerre Carliste, nouveau siège. Tous ces faits d’armes la nimbèrent d’une auréole cosmopolite et libérale, qui persiste chez ses habitants.

Quartier ancien de Bilbao, « margen derecha » (rive droite)
Les guerres ne paralysèrent pas sa croissance due à une forte industrialisation et un apport constant de population immigrante. Le chemin de fer y arriva vers la moitié du siècle et l’Université des Jésuites s’installe sur les terres de la pré-église de Deusto en 1886. La ville s’étendit alors sur la rive gauche de la ría, appartenant à la rivale pré-église de Abando.
Quant au bourg de Abando, quoique antérieur à Bilbao, il s’agrandit et prit de l’importance suivant l’essor de sa voisine, mais manquant d’appuis et de privilèges juridiques et commerciaux il resta dépendant de Bilbao, qui de son côté en dépendait aussi car les grands usines de sidérurgie (Hauts fourneaux de Vizcaya) et les chantiers de constructions navales étaient à Abando.
Dans les débuts du XIXe, Abando possédait 1/3 de la population de Bilbao. Entre 1800 et 1804, les membres des Juntes des villages de Vizcaya s’organisèrent pour faire face au « joug (mercantil) insupportable de Bilbao construisant le Puerto de la Paz sur les terres de Abando, avec l’espoir d’en finir avec l’ hégémonie de Bilbao. Mais les ans passant, bataille après bataille pour obtenir l’hégémonie, les habitants de Abando se laissèrent absorber par leur voisine géante en 1890.
L’extension de Abando se fit avec de grandes avenues amples et droites suivant les concepts qui à l’époque régissaient les grandes villes européennes. Le pont de l’Arenal reliait directement la vieille ville et la nouvelle qui s’étendrait par la suite vers Indautxu et vers le sud. Evariste Churruca fit de grands travaux dans la Ria : bien dragué pour faciliter la navigation, le port se rapprocha de la mer.
Né à Abando, Sabino Arana, fut à l’origine de l’expression de toute une idéologie sur l’identité traditionnelle basque (reliée à la classe paysanne) qui serait la base du nationalisme basque et du parti fondé en 1895.
Bilbao est devenue peu à peu une grande ville industrielle où fleurissait un nouveau mouvement culturel et artistique. Artistes et intellectuels s’y réunissaient faisant de la citée un centre d’échanges d’influences, d’idées à la hauteur de villes comme Paris, Londres ou Barcelone. De la même façon, naquit et se développa un mouvement ouvrier d’importance qui fut interrompu par la Guerre Civile. La ville reprit ensuite son industrialisation attirant une grande quantité de main d’œuvre jusqu’à retrouver sa position d’avant la guerre. C’était un Bilbao industriel et riche, mais gris et triste.

Pont de l´Arenal
Les dernières transformations de Bilbao eurent lieu au cours de la décade finale du XXe siècle. La crise du secteur métallurgique se fit sentir dans les années ? du siècle passé. Sans force économique, la ville perdait son essence et devait trouver une nouvelle orientation à tous les points de vue(économie, société et urbanisme). On décida que la nouvelle ville correspondrait au secteur tertiaire. Des capitaux furent débloqués, les usines en ruines disparurent, la Ria fut assainie et les terrains furent ordonnés pour être amples et humanisés. On invita des architectes au renom international pour construire de nouvelles infrastructures: Norman Foster (le métro), Frank Gehry (Musée Guggenheim de Bilbao) ou Santiago Calatrava (aéroport de Loiu et pont de Zubizuri sur le Nervion). Grâce à tout cela, la ville est devenue un important centre d’affaires et d’arts dont la qualité de vie s’est notablement améliorée, de telle façon que en 2010, le 19 mai Bilbao reçut le prix Lee Kuan Yew World City Price(le nobel de l’urbanisme).