Tout au long de l'histoire ont traversé ce Tunnel de San Adrian des armées, des rois, des marchands et des pèlerins. En tant que point de passage, ses débuts remontent à l'Antiquité, à l'époque de l'Empire romain. A cette époque passait la Voie qui reliait Astorga à Bordeaux et qui guide encore les pas du visiteur de chaque côté de l'ouverture. Depuis le 11ème siècle son rôle est documenté comme le chemin naturel de communication entre la plaine d'Alava et la vallée en Gipuzcoa de la rivière Oria; un point de passage entre la Castille et le reste de l'Europe.
En 1290, le pape Nicolás IV accorda des indulgences aux pèlerins, passants et mendiants qui, le jour de sa fête, visiteraient l'ermitage de San Adrián, à l'intérieur du tunnel. À son apogée, il était doté d'infrastructures, comme une taverne, des écuries et une garde permanente. Il en arriva même à avoir une mairie, et l’un de ses maires se vantait même d'être l'un des hommes les plus importants de toute l'Europe, parce que les plus distingués gentilshommes riches ou nobles du continent se découvraient en sa présence. Ce qui ne serait pas complètement faux compte tenu de l’étroitesse de l’orifice de sortie du tunnel qui obligeait la majorité des visiteurs à se pencher et à découvrir leur tête. Le passage n'était pas gratuit comme en témoignent les restes des anciennes douanes médiévales, qui, du côté de Gipuzcoa, servent encore aujourd'hui d'entrée au passage.
Le tunnel est également l'un des points clés des premières étapes du Chemin de Santiago de l’Intérieur. Depuis la route de pèlerinage d'Alava il est née comme une alternative à la route côtière (qui s'avérait parfois trop dangereuse à cause des luttes des bandos et des attaques de bandits, particulièrement intenses en Guipuzcoa et en Biscaye entre les XIVe et XVe siècles), les pèlerins profitèrent de la vieille route romaine pour diriger leurs pas de la côte basque vers la ville de de Vitoria. En raison de l'obscurité intense qui régnait à l'intérieur du tunnel, il était connu par les marcheurs comme la «bouche de l'enfer».
En 1502, les princes Philippe le Bel et Jeanne la Folle le traversèrent lors de leur voyage des Flandre à la Castille. Tous deux s’arrêtèrent dans l'ermitage du tunnel pour exercer comme parrains de Felipe de Lazcano (nom qui fut donné en honneur du prince), au fils du célèbre marin et militaire Juan de Lazcano, né dans la région et qui accompagnait les princes dans ce voyage .
L’amélioration des voies de communication au XVIIIe siècle quittèrent du trafic au Tunnel de San Adrian qui serait abandonné en 1851 avec l’inauguration de la route traversant le massif par le col de Etxegarate. C’est de nos jours, une curiosité touristique naturelle de premier ordre.