Depuis les abords de l'an mil, l'ensemble des villages installés dans les environs de l'actuelle Oñati était le fief de la famille Vela. En 1370, il passa à la lignée Alava des Guevara, comtes d'Oñate, par ordre du roi Enrique II. L'un de ces villages originels, celui qui entourait l'ermitage de Santa Marina, se développa plus vite que les autres, agrandissant son temple sous le patronage du comte.

Comme les seigneurs féodaux des autres latitudes, les Guévaras percevaient des taxes, rendaient justice et exécutaient leurs sentences, commandaient les troupes et élisaient les maires,  le tout par droit de succession. Cette lignée  humilia tellement les habitants d'Oñati  qu'ils en vinrent à les appeler péjorativement les «  txantxiku » ce qui signifiait  les  grenouilles à cause de toutes leurs servitudes féodales. Les Guevara se virent continuellement confrontés à l'opposition locale, menée par des hommes riches ou des nobles locaux qui  tentèrent de se faire annexer par les confréries de Guipúzcoa ou d’Álava.

Pendant les guerres de Bandos, les Guevara étaient l'une des principales lignées gambiennes, ce qui fit que la plus grande partie des gentilshommes d'Oñati s’inscrivirent dans le camp adverse, les oñacino. En l'an 1388 les oñacinos provoquèrent une révolte sanglante qui tint en échec le Seigneur et sa troupe pendant plusieurs mois. Finalement  ils conclurent un pacte par lequel les hidalgos pouvaient choisir le chef de la localité, bien que cette nomination devait être ratifiée par le comte. De toutes façons, la violence s'intensifia jusqu'à ce que, en 1448, les troupes de Guevara mettent le feu à Mondragón,  cité voisine où les « vilains » avaient soutenu les gentilshommes locaux. Le Treizième seigneur  d'Oñate  eut l’habilité de soutenir les Rois Catholiques qui le nommèrent compte en 1481, renforçant ainsi son pouvoir sur la ville.

En 1534, l'oñatiarra Rodrigo Mercado de Zuazola, qui avait été conseiller des Rois catholiques et ami du cardinal Cisneros, décida de fonder une université dans sa ville natale, entamant le processus ardu des autorisations et des donations. En 1542, alors qu'il était évêque d'Ávila, il commença les travaux de construction qui ne termineraient en 1545, lorsqu'il remit le patronage de la nouvelle Université Sancti Spiritus d'Oñati à l'empereur Charles V et à ses descendants. Le conseil formé par les voisins d'Oñati  contribua à financer les travaux et pendant des siècles  contribua aux frais des chaires.

Le 29 août 1839, le généralissime Espartero et le général Carlist Maroto  signèrent un accord de paix dans le palais de Lazarraga qui entrerait en vigueur quelques jours plus tard à Bergara, et qui allait faire partie de l'histoire d'Oñati.

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Bien que les Seigneuries aient été légalement abolies pendant la guerre carliste en 1837, ce n'est qu'en 1845 qu'Oñati a officiellement rejoint Guipúzcoa.

Les guerres successives qui ont dévasté Guipúzcoa de la fin du 18ème siècle jusqu'à la fin du 19ème  empêchèrent le fonctionnement normal de son université, qui fut fermée en 1842 et restaurée comme Université Libre d'Oñati en 1896, pour fermer définitivement en 1901. Actuellement, le bâtiment est siège de l'Institut international de sociologie juridique, dépôt des Archives provinciales de Guipúzcoa et siège de l'Institut basque d'administration publique.

Oñati est l'une des cités les plus attrayantes et les plus monumentales de Guipúzcoa. Elle est située dans une riche vallée entourée de montagnes et possède un patrimoine artistique intéressant, parmi lesquels  le Sanctuaire d'Arantzazu, situé dans le quartier du même nom.

Le centre urbain de la ville montre une disposition truffée de grands couvents, d’églises et de manoirs, particulièrement concentrés autour de la Plaza de los Fueros / Foruen Enparantza. Nous vous proposons de commencer notre visite depuis cette place, dessinée par Mariano José de Lascurain, configurée comme un grand espace urbain occupé au nord par un grand portique et ouvert au sud sur la  rivière. La bordent l’Hôtel de Ville (1778) avec une façade spectaculaire de style baroque français; la Maison Lazarraga, XVe siècle gothique et l'église paroissiale de San Miguel Archange, des XVe et XVIe siècles, avec un magnifique cloître gothique qui a la particularité d'être construit sur la rivière  Ubao canalisée par dessous. Dans son intérieur se trouvent la chapelle de la Piedad, un retable baroque et la crypte.

Comme autre place importante de  Oñati vous avez celle de Santa Marina, un espace urbain crée entre les XVIe et XIXe sur  laquelle donnent trois palais intéressants  du XVIIIe siècle: la Maison Madinabeitia et  la Maison Antia, baroques routes les deux; et la Casa Baruena, un édifice de transition du baroque au néoclassique avec une façade à double arcature. La maison Baruena appartenait au baron de Areizaga, beau-père du comte de Peñaflorida; La Maison  Moyua abrite actuellement le siège de la Maison de la Culture. De là, vous atteignez le rond-point derrière lequel se dresse l'Hospedería et le monastère de Bidaurreta. Ce complexe fut construit en 1510 par Juan López de Lazarraga, comptable des Rois Catholiques et son épouse Juana de Gamboa pour abriter leurs tombes. Renaissance mais avec des éléments gothiques et mudéjares à l'intérieur de l'église se dresse le grand retable baroque en bois sans chrome sur lequel  sont disposées d’excellentes sculptures sur bois de en dimensions réelles présidées par un balcon où se penche La Virgen de l’Asuncion . De même. dans le temple il y a le tombeau des fondateurs et encore 218  tombes de différentes familles d'Oñati.

Parmi les bâtiments civils de la cité, nous citerons la Casa Torre de Zumeltzegui, résidence des comtes d'Oñate; la Maison Hernani du XVIe siècle et la Tour de Zubiaur à la structure clairement défensive. Mais le plus important de tous est  l'Université Sancti Spiritus située dans l'un des principaux accès à la ville. Construit au XVIe siècle, sa façade équilibrée et sereine est  le meilleur et le plus clair exemple de la Renaissance de tout Guipúzcoa. À l'intérieur, le cloître et le plafond mudéjares complètent l'ensemble en partie sculpté par Pierre Picard, fils de l'architecte responsable de la construction de la Cathédrale de Burgos.

Un autre élément intéressant du patrimoine de la ville, situé en face de l'Université, est le moulin de San Miguel a devenu musée. Le moulin appartenait au complexe du monastère de San Miguel et dépendait directement des comtes d'Oñate qui y collectaient une partie de leur dîme. À l'heure actuelle, le moulin-musée conserve des éléments originaux et d'autres provenant d'autres endroits qui montrent le processus complet de broyage, de la mouture.

La grotte d'Arrikrutz près du sanctuaire d'Arantzazu est un ensemble  souterrain de grande valeur spéléologique. Sa visite montre le complexe karstique avec d'énormes stalactites qui sont à cinquante-cinq mètres de profondeur, et où d'importantes découvertes archéologiques ont été faites, comme le squelette d'un lion des cavernes, le premier trouvé dans toute l'Espagne.

Il faut venir à Oñati pour la Fête du Corpus Christi ,  qui y est célébrée depuis 1476 et qui a gagné en grandeur avec le temps, constituant l'une des processions avec danses des plus singulières  du Pays Basque.