L’histoire d’Ordicia commence avec sa fondation en 1256 par Alfonso X le Sage qui, quelques années plus tard, en 1268, lui accorda la catégorie de ville et l’a rebaptisée Villafranca, en lui donnant quelques privilèges, tels que le Fuero de Vitoria . Les deux noms ont coexisté pendant des siècles jusqu’à ce que, en 1916, la ville fut officiellement rebaptisée Villafranca de Oria. Mais cette dénomination ne plaisait pas à la population, par tant fut renommé comme Villafranca de Ordicia. Enfin, en 1982, la forme basque du nom a été acceptée comme officielle, depuis lors, la ville a adopté le nom d’Ordizia.
Son histoire médiévale est dominée par une série d’alliances visant à renforcer sa position et celle des villages voisins. En 1399, les cités d’Altzaga, d’Arama, d’Ataun, de Beasain, de Gaintza et d’Itsasondo lui furent incorporées légalement. Cette union comprenait aussi plusieurs manoirs de Lazkao, Legorreta et Zaldibia. Trois ans plus tard, le roi castillan Enrique III approuva légalement cette décision municipale, qui étendit aux populations fusionnées les mêmes privilèges que Villafranca avait obtenus du roi Alfonso X, privilèges qui supposaient des pertes de revenus tributaires pour la Couronne. Ces villages firent valoir devant le roi que leur but était de joindre leurs forces face à l’insécurité dérivée des guerres des Bandos – entre les lignages oñacinos et gamboinos – et les incursions des bandits navarrais. Après la conquête de la Navarre, et la fin des luttes des bandos, l’intérêt des villes s’orienta sur le fait de compter sur leurs propres conseils municipaux, et pour ce,se détachèrent peu à peu d’Ordizia jusqu’à ce que celle-ci se retrouve seule à nouveau.
Vers 1508 naquit, à Villafranca, Andrés de Urdaneta, marin, militaire et religieux qui facilita l’évangélisation des Philippines et découvrit les vents qui rendirent possible la « tornaviaje » ou “route Urdaneta” entre les Philippines et le Mexique.
1512, il y a eu un incendie dévastateur qui calcina la plupart des maisons du village construites avec du bois. Cela incita la reine Jeanne la Folle à accorder à ses habitants le privilège de célébrer un marché sans taxes tous les mercredis, de sorte qu’avec les bénéfices ils pourraient reconstruire leur localité.
En 1644 fut créée l’Union de Villafranca qui, bien qu’initialement seulement incluait Beasain, y ajouterait bientôt d’autres villages. Le but de cette nouvelle alliance était de réduire les frais de représentation dans les réunions de plus en plus complexes des Conseils Généraux de Guipúzcoa. Il fallait y envoyer des représentants sachant s’exprimer parfaitement en castillan, de grande capacité de négociation dans les réunions, car de cela dépendait le montant que les habitants devraient payer pour contribuer aux dépenses communes du territoire foral(juridique) -Très affecté par la guerre Trente Ans, en étant le front de bataille – et pour le Trésor Royal – en faillite pour la même raison -. Il faut garder à l’esprit que ces réunions duraient souvent plusieurs semaines, au cours desquelles les négociations ou les opérations entre les membres des Assemblées devaient être assistées de tiers; qu’il fallait habiller convenablement et qu’il fallait payer des indemnités de subsistance suffisantes aux représentants et que le tout avait un impact important sur les petites populations d’une centaine d’habitants dans des situations très précaires.