L’histoire de Guétarie commence en 1209 lorsque le roi Alfonso VIII lui concéda le même état juridique que San Sebastian dans le but de faire venir s’installer de nouvelles gens et activer la vie du port. Pour pousser à la construction de nefs et de maisons, en 1270 elle reçut le privilège de pouvoir couper des arbres nécessaires, n’importe où en Guipuzcoa, et vingt ans plus tard, ses commerçants furent libérés de payer les droits de portage et de péages de n’importe quelle localité du royaume de Castille.
Le 6 juillet 1397, dans l’église de San Salvador, une assemblée de représentants de plusieurs villages fut réunie par le corregidor (représentant du pouvoir royal) Gonzalo Moro pour rédiger les premières Ordonnances Constitutives de la province (ce seront les Fueros). Elles furent revues et corrigées à plusieurs reprises par des assemblées successives, restant en vigueur jusqu’à 1876.
En 1476, Juan Sebastian el Cano naquit à Guétarie, marin militaire capitaine de la Nef Victoria avec la quelle il accomplit le premier tour du monde en 1522. Ce haut fait est commémoré par les habitants par la Fête du Débarquement.
Pendant le XVIe siècle on continua à renforcer la jetée qui reliait l’île de San Anton au mont Garate sur les flancs du quel était construit le village enceint de murailles. Il se forma ainsi un grand port de pêche et de commerce, bien à l’abri des vents du nord-ouest surtout. Ses marins furent de célèbres pécheurs de baleines- unique symbole figurant sur les armes de la ville- une activité séculaire, en compétition avec d’autres ports du Pays Basque. La dernière baleine fut remorquée jusqu’au port en 1878.
Une autre grande activité de sa population fut de produire un vin blanc sec, légèrement amer de nom txakoli, dont les premières références documentaires datent du XVIe siècle. De consommation locale il fut peu apprécié jusqu’à la fin du XXe siècle, moment où on obtint des saveurs plus douces qui en firent augmenter le prix et donc étendre les terrains cultivés.
En 1597, un incendie détruisit les deux tiers du village (150 maisons de bois)., Plus tard, en 1638, pendant la Guerre de Trente Ans, une grande flotte française détruisit le port de Guetarie et des navires castillans ancrés dans la rade et qui attaquaient les français qui avaient mis le siège à Fuenterrabia par terre et par mer. Après un fort bombardement, ils furent repoussés et ne purent conquérir la ville.
Ancien port de Guétarie – Getaria
En 1811, les français occupèrent Guétarie, y laissant une garnison jusqu’à 1813, la quelle en se retirant détruisit une bonne partie de la cité. Pendant la première Guerre Carliste, les troupes Libérales furent bombardées par les carlistes qui détruisirent à nouveau presque tout le village. Ne restèrent debout que l’église de San Salvador (très touchée) et 16 maisons, jusqu’à ce que les ruines soient réoccupées en 1836.
Enfin, en 1895, Cristobal Balenciaga naquit dans la localité, depuis fort jeune ce fut le modiste de la famille royale et de l’aristocratie qui séjournait l’été à San Sebastian. Lors de la Guerre Civile, il vint s’installer à Paris y devenant l’un des créateurs modiste parmi les plus fameux de l’histoire. En 2011, un musée avec son œuvre fut inauguré, devenant l’un des principaux attraits de la Guétarie actuelle.