Au IXe siècle, la vallée de Atares était une zone frontière dominée par les musulmans. Il y avait une petite église primitive consacrée à Saint Jean Baptiste, dirigée par l’ermite Juan de Atares qui servit d’exemple à d’autres anachorètes qui vinrent s’y installer, formant leurs cellules avec leurs oratoires respectifs jusqu’à créer un véritable ermitage. Galindo II Aznarez reconquit la vallée en 913, et l’ermite Transicorico voulut transformer l’ermitage en abbaye devenant le premier Abbé. Il construisit (ou agrandit) l’actuelle «église basse» dédiée aux saints Julian et Basilisa. L’évêque Iñigo de Aragon-Huesca vint la consacrer.
Après un abandon d’un certain nombre d’années, le lieu reprend vie sous le roi de Navarre Sancho el Mayor, qui décide de la construction d’un monastère dans les règles à cet endroit. En 1071, Sancho Ramirez y édifia le second niveau de constructions donnant le monastère à l’ordre réformiste des bénédictins, qui introduisirent dans la Péninsule Ibérique la lithurgie romaine qui progressivement substitua le rite mozarabe (hispano-visigoth).
En 1094, une fois terminée l’église romane. Elle reçut la visite du roi Pedro I, « …qui monta à San Juan de la Peña (…) en compagnie de ses riches hommes et de nombreux Évêques et Prélats pour célébrer, comme il le fit solennellement, la dédiant et consacrant le temple dont nous avons la jouissance, le quel avait quasi achevé son père le Roi don Sancho… » Nous avons là, la preuve de l’importance qu’avait gagné ce centre cénobitique, devenu l’un des lieux les plus symboliques de la monarchie aragonaise. Importance que révèle la décision de s’y faire enterrer avec leurs épouses, les trois premiers rois de la dynastie: Ramiro I, Sancho Ramirez et Pedro I.
Le Monastère de San Juan de la Peña dans une ancienne postale.
Comme pour les autres institutions civiles et religieuses, l’avancée de la Reconquête déplaça le centre politique et économique et San Juan de la Peña perdit peu à peu son ancien rôle: les monarques suivants ne s’y font plus enterrer, sinon à Huesca ou ailleur. Pendant des siècles le monastère survécut très humblement.
En 1675 un incendie détruisit l’édifice et les moines décident de le reconstruire plus haut, dans la Prairie de Saint Indalecio. Cette nouvelle construction est consacrée en 1705.
En 1770, le roi Carlos III décide de réformer la décoration des enterrements royaux.