L'origine de Zalduondo peut se situer à Aistra, un lieu actuellement dépeuplé qui se trouve à un kilomètre de là et où des vestiges archéologiques sont fouillés (parmi eux une nécropole avec 70 tombes) qui remonte au VIe siècle. En tant que population du début du Haut Moyen Age, dans les années de l'effondrement de l'Empire romain et le début de la domination gothique, c'est la plus ancienne colonie médiévale dans le nord de la péninsule ibérique.
La première référence écrite dans l'histoire sur Zalduhondo est de 1025 et apparaît dans le Reja (grille) de San Millán, dans le monastère de San Millán de la Cogolla. Son nom est lié à son emplacement. En Basque, Zaldu(a) signifie forêt ou jungle et Ondo est interprété comme faisant référence au village est situé à côté des grandes forêts entourant le tunnel voisin de San Adrián, célèbre pour l'afflux de pèlerins qui utilisent cet embranchement sur le chemin de Saint Jacques de Compostelle à travers Guipúzcoa, depuis la France et le reste de l'Europe. Les habitants de Zalduondo étaient responsables de la sécurité de cette pente du col, ainsi que de maintenir la juridiction des pâturages de leur côté de la montagne face aux prétentions de leurs voisins Gipuzkoans.
Au Moyen Age, Zalduondo appartenait à l'Association des chevaliers d´Álava appelé la Confrérie de Arriaga, un groupe qui contrôlait de nombreux villages dans des terres de la plaine (Llanada) d´Álava et qui a fait face pendant plus d'un siècle à la ville de Vitoria et son corregidor, nommé par le roi. En 1332 elle a signé la soi-disant " Voluntaria Entrega"(Livraison Volontaire) au Roi Alfonso XI de Castille afin de garantir quelques privilèges que perdaient par la force des milices de Vitoria. Par décision du monarque, Zalduondo est devenu dépendant de la localité voisine de Salvatierra.
Plus tard la localité est tombé dans des mains de seigneurs, en passant en 1382 (avec Salvatierra) aux mains du ministre des Affaires étrangères Pedro López de Ayala. En 1412, ses seigneurs la séparent du comté de Salvatierra et le dotent en dot à Constanza de Ayala, petite-fille du chancelier, dans son mariage avec le comte d'Oñati, qui maintient une enclave majestueuse entourée de territoires basques habités par des hidalgos. Cette singularité a motivé que, pendant des siècles, les habitants de Zalduondo plaident souvent contre leurs seigneurs féodaux.
L'ouverture au cours du XVII siècle du Chemin Royale qui reliait le centre de la péninsule à la côte, à travers des Salines de Léniz, marquait le début de la fin de l'hégémonie du Tunnel de San Adrián et des localités qui, comme dans le cas de Zalduondo, dépendaient de son existence. Les nouvelles voies de communication créées au XIXème siècle ont fini de couler cette route traditionnelle qui, depuis lors, survit grâce à son grand attrait touristique et constitue le passage de l´embranchement nord du Chemin de Saint-Jacques de Compostelle.
Le personnage de Celedón, protagoniste des Fêtes de la Virgen Blanca á Victoria, a été créé autour de la figure de Celedón Alzola, un voisin de Zalduondo de caractère fêtard qui, année après année, est allé aux fêtes de Vitoria et qui a inspiré la fameuse poupée qui, depuis 1957, ouvre les fêtes patronales de la capitale d'Alava.