La Nécropole de las Vinuesas parle d'un noyau primitif hispano-romain. Les Romains nommèrent l'endroit Tricolia, pour être installé sur trois collines. Plus tard, les musulmans  construisirent une grande citadelle, pour protégér une population de 7.000 habitants et la nomèrent Medina Lauxa. À Loja naquit le poète Ibn al-Jatib, qui atteignit une importance remarquable dans la cour cultivée de Grenade.

En 1225 elle fut prise par le roi Ferdinand III le Saint qui, incapable de la défendre, essaya de la détruire. Vers 1482 la défense de Loja fut confiée au célèbre caudillo Alí-Attar (Aliatar), qui réalisa une célèbre legende   chevaleresque : En mai 1486, à l'approche de l'armée castillane contre Loja, le roi Boabdil de Grenade vint en personne pour la défendre. Le onzième jour du mois, Boabdil, acculé avec ses fidèles dans la Tour de Benjebit  demanda à parlementer avec le capitaine castillan Gonzalo Fernandez de Cordoba qui lui  accorda la liberté en échange de la forteresse. En entrant dans la ville, la reine Isabelle I de Castille la décrirait comme "une fleur entre les épines" en raison de la beauté des constructions situées dans la citadelle. La fleur est Loja, comme une ville qui serait conquise et christianisée, tandis que les épines feraient référence à l'environnement : des villes encore sous le domaine et la  religion musulmane.

Gonzalo Fernández de Córdoba, après avoir remporté le surnom de "Grand Capitaine" en Italie, se brouilla avec le roi Ferdinand le Catholique, qui fit démolir le château de sa famille à Montilla, recevant en suite du roi le poste de directeur de Loja, où il mourut 1515

Au XVIe siècle, on fit de nouvelles constructions qui adoptèrent le style Renaissance, peu fréquent en Espagne, sans effacer les origines arabes de certains édifices: Ici naquit le général Narváez, premier ministre d'Isabel II du parti conservateur libéral, connu sous le nom de « Espadon de Loja ". Sa mémoire est palpable en plusieurs endroits. Cela n'empêcha pas que le 29 juin 1861, une petite armée de six mille travailleurs agricoles armés, venus de Iznajar et dirigée par le vétérinaire Rafael Perez del Alamo, prit le contrôle du village, hissa le drapeau républicain et répartit la terre entre les paysans. Le 4 juillet, les journaliers furent expulsés des lieux, après de violents combats avec les troupes de l'armée de Grenade et, après avoir été vaincus en rase campagne, les meneurs et cent seize rebelles furent exécutés les jours suivants. Les quatre cents restants furent déportés et Pérez del Álamo s'enfuit à Madrid,  étant plus tard amnistié avec les autres condamnés.

Le village eut son heure de célébrité pour être l’une de scènes du film sopa de ganso (soupe à l’oie)- 1933 des frères Marx. Bien que dans le film il porte le nom de Sylvania

Les ruines de l'Alcazaba peuvent être le premier arrêt  lors d'une visite à Loja. L'ensemble comprend les restes du mur médiéval, une citerne de la période nasride et une partie de l'un des bâtiments principaux avec un spectaculaire dôme octogonal. La construction se distingue également par sa connexion visuelle avec un vaste réseau de tours de guet qui contrôlait la frontière toujours convulsive entre chrétiens et musulmans. Dans la Cour d’Armes est la belle Casa de los Alcaides Cristianos, construite au 17ème siècle par le gouverneur de la forteresse Pedro de Tapia et qui sert de siège du Musée historique municipal de l'Alcazaba, où sont conservés de nombreux objets archéologiques et culturels  pour aider à comprendre l'évolution de Loja. A côté de la porte qui donne accès au vieux quartier se trouve le centre d'interprétation historique et l’office d'information touristique de Loja.

L’enceinte fortifiée qui contient ce Quartier de la Alcazaba fut tracé au XIIème siècle et modifié dans les deux siècles suivants; Même le donjon ou la tour de l'horloge ont été conservés.   Depuis la tour Ochavada et la rue Moraima vous avez de beaux points de vues.

Au centre de la ville se trouve l'un des plus grands temples du pays, l'église de l'Incarnation, déclarée Bien d'intérêt culturel, construite sur le site qu’occupait la mosquée principale. De style gothique-mudéjar, du XVIe siècle, et réformé et agrandi entre le XVII, et XVIIIe siècles, Parmi ses maîtres constructeurs, signalons Ventura Rodríguez qui construisit le grand clocher.

L’église de San Gabriel est un authentique bijou de la Renaissance : dessinée au 16ème siècle par l'architecte et sculpteur Diego de Siloé, qui a également sculpté un buste du Grand Capitaine, commandé par son épouse dont une copie de Bellver est conservée dans l'Alcázar des Rois Chrétiens à Córdoue.  D’une seule nef  il faut souligner sa façade latérale de l'Annonciation, où l’on peut toujours voir les armes impériales.

Dans le Barrio Alto est l'église de Santa Catalina (16ème siècle), un temple qui  bénéficia des dons de la reine Isabel II à travers  de Narváez. A l'intérieur, on remarque son plafond à caissons mudéjar. Pendant la guerre de 1936,  le grand retable churrigueresque fut saccagé et détruit.

La chapelle-Ermitage de la Vierge de la Charité, à trois nefs, abrite l'image de la Patronne de Loja. Le couvent de Santa Clara, avec sa façade gothique isabéline du XVIème siècle, a un plafond à caissons mudéjar exceptionnel, des fresques importantes et un bon retable baroque. Les stalles du choeur furent données par Isabel II. Il y a aussi une construction franciscaine au XVIème siècle dont le cloître a survécu, servant maintenant de cour à l'hôpital civil de San Francisco. Dans l'ermitage de Jésus

Nazareno est exposé un retable baroque du XVIIème siècle avec une image attribuée à Alonso Cano. La vieille maison des conseils, aujourd'hui centre d'interprétation historique et point d'information touristique de Loja, est une construction avec un arc en plein cintre caractéristique sur son front urbain, construite à la fin du XVe siècle. En 1927, le conseil  déménagéa au Palacio de Narvaez (XIXe siècle), qui fut la résidence du duc de Valence (Narváez Ramon Maria y Campos) On y remarque sa belle cour centrale médaillons avec plein de médaillons historicistes de personnages de l’histoire de l’Espagne

Un autre bâtiment de la Renaissance est le "Pósito Nuevo", pour stocker le grain et tout ce qui concerne la gestion agraire. C’est de nos jours  un Centre d’ Initiatives Culturelles.

Les restes du général Narváez se trouvent dans un magnifique mausolée en marbre de Carrare exécuté par le valencien Antonio Moltó. Le neveu du soldat, José María Narváez, ordonna la construction d'une maison appelée Aliatar (en mémoire du défenseur nasride de Loja), qui est actuellement un séminaire clarisse. Les Jardines de Narváez entourent ce qui fut la résidence rurale du Général  combinant le jardin à la française et le goût romantique.

En el entorno de Loja son significativos los puentes de Riofrío, también construidos en el siglo XVI, siendo sobresaliente el de Riofrío, construido sobre la base de uno antiguo romano. No obstante, en el escudo de Loja aparece otro Puente sobre el Genil (siglo XVIII) que une el barrio de San Fernando con la ciudad.

Dans les environs de Loja  importants sont les ponts de Riofrío, également construit au XVIe siècle,  celui-même de Riofrío est remarquable il est construit sur la base d'un ancien pont romain. Cependant, dans les Armes de Loja  c’est un autre pont qui apparait : celui sur le Genil (XVIIIe siècle) qui relie le quartier de San Fernando avec la ville