Bien avancée l’âge du bronze, on a des preuves de l’existence d’une population stable dans la zone (IXe Siècle av.J.-C.) qui maintenait des relations commerciales suivies avec les villes lointaines de la Phénicie.
Au VIe Siècle av.J.-C. les Grecs fondent une colonie dans la petite île de Palaia Polis (aujourd’hui Sant Marti) qu’ils reasladèrent plus tard près du port Neapolis.
En 218 Siècle av.J.-C. ce poste grec est occupé par les romains et à la fin du Ier Siècle av.J.-C., leur camp militaire voisin s’intègre dans l’ancienne cité grecque sous le nom de Municipium Emporiae. Au cours du IIIe siècle, le site est abandonné à cause de l’expansion d’autres villes romaines de l’actuel territoire catalan.
Lors de la création du royaume Visigoth, ce qu’on appelait Sant Marti était siège de l’évêché. L’occupation arabe ne dura que quelques décades et les francs les remplacèrent dans le contrôle de la région nommant le chevalier Emenguer premier Comte de Empuries en 812.
Au XIe siècle la capitale du comté s’installe à Castello de Empuries. Tout au long du Moyen Age, la vie de la région est agitée par de continuelles révoltes nobiliaires et dynastiques. Au XIIIe, le français Guillermo de Lodeva incendie Empuries et deux siècles plus tard le siège est mis à la forteresse qui tombera finalement en 1568 pendant la guerre de la Remensa, étant remise alors par Juan II à Père de Torroella.
Au XVIe, les pêcheurs locaux décident de fonder un autre port L’Escale.
Sant Martí d’Empuries. Au fond, l´Église Paroissiale
En 1640 et 1675, la forteresse sera à nouveau assiégée. Depuis la fin du XVIIe et surtout au cours du siècle suivant, le noyau de peuplement de l’Escale se développe et s’accroit considérablement grâce à la pêche et à une activité commerciale intense, se multipliant la production de salaisons. Et même, en 1766 elle remplace Sant Marti comme capitale.
En 1938, les bombardements détruisent une partie de la localité de l’Estartit. Depuis les années soixante du siècle dernier, c’est devenu un très actif centre estival.