Depuis bien avant la conquête romaine le lieu était déjà connu  comme Santoña, nom dérivé des Santones ou Santonos, une tribu probablement d’origine celte. Mais comme tant d’autres villes de Cantabria, Santoña doit son origine au repeuplement ordonné par le roi asturien Alfonso I le Catholique au VIIIe siècle. Un siècle plus tard, on parle d’un village crée autour du monastère de Santa Maria del Puerto qui exerçait son autorité sur le port et son territoire. De fait, les documents anciens  différencient Santoña-  la montagne,  du Port autour du monastère primitif.

En 1038 Santoña grandit en importance et en population grâce à l’Abbé Paterno(que bon nombre d’historiens considèrent comme le véritable fondateur de la ville). À partir du XIIe siècle, passant sous la coupe de l’abbaye de Najera, Santa Marie déclina. Les Nobles de la ville et l’abbé du couvent luttèrent pour se détacher de Najera, ce qui arriva enfin en 1579 quand elle devint ville de «realengo»(ne dépendant que de la couronne royale) et s’incorpora aux Parlements de Trasmiera. Elle commença alors à être nommée Puerto de Santoña, appellation qui dura jusqu’au XVIIIe siècle, où’elle devint Santoña tout court.

À cause des attaques constantes des français, en particulier la mise à sac de 1639 de la part de l’archevêque de Bordeaux, la ville construisit deus forteresses de défense : le fort San Martin et le Fort San Carlos. Plus tard, les français eux-mêmes lors de la guerre d’Indépendance firent de la ville un bastion, levant deux autres forts : le fort Impérial (de nos jours la Prison du Dueso) et le fort du Mazo.

La fin du XIXe vit la construction à Santoña du port de commerce actuel qui attira des industriels italiens qui achetaient des anchois en salaison pour les réélaborer dans leur pays. La première guerre mondiale toucha de près les exportations de cette industrie. Comme solution, en plein conflit, un italien commença à découper les anchois et les mettre en boîtes, comme il se fait encore maintenant. Dès lors, un certain nombre d’italiens immigrèrent à Santoña, y développant l’industrie de la conserve de l’anchois et du thon, l’une des plus importantes au monde.

Située dans sa jolie baie et unie à la terre par une fine langue de sable et de terre, la ville de Santoña se divise en deux zones : le centre urbain sur la plaine et la zone montagneuse sur les flancs du Brusco et du mont Buciero.

Le monument le plus intéressant de Santoña est sans aucun doute son église de Santa Maria du Puerto, au pied du mont. Déclaré Bien d’Intérêt Culturel, ce temple faisait partie du monastère de Santa Maria del Puerto, origine du village et l’un des plus ancien de la Cantabrie (dont rien ne nous est resté). L’église actuelle du XIIIe, réformée au XVI, est unédifice de transition au gothique avec quelques restes romans et d’autres classicistes. On remarque ses chapiteaux avec des scènes bibliques ou de chasse, et la voute de la croisée du transept du XVIe, bel exemple du gothique flamboyant de la région. Au-dedans, le retable de San Bartolome (XVIe) œuvre de Petrus Nicolai Morauli, une des pièces pictoriques flamandes les plus belles d’Espagne, et les fonds baptismaux(XII-XIIIe).

Près de l’église, on peut faire une belle promenade par de Mont Buciero (de nos jours Parc Naturel Monte Buciero). Nous commencerons par voir le Fort de San Martin, construit sous Felipe II, parfaitement conservé et que vous pouvez visiter. En forme de V, il semble que ce soit la seule fortification du système Carnot qui existe encore.  On a de là, une vue magnifique sur la baie et les villages avoisinants. On arrive ensuite au Fort de San Carlos (1668) composé de deux blocs. Passant la Pointe du Fraile on atteint le phare du Caballo, et plus au nord le Phare du Pescador près de la plage de Berria. En voiture on peut suivre jusqu’au restes du Fort du Mazo ou de Napoléon qui avait une structure rectangulaire mais qui jamais ne fut terminé. Ces trois fortifications nous rappellent le rôle défensif important de Santoña.

Pour visiter le centre-ville, on pouirra partir de la place de San Antonio, centre géographique et social où se concentrent commerces, banques et cafés. Près de la place, on voit le Palais de Castañeda, Maison-Tour des débuts du XXe siècle.

Le Palais du Duc de Santoña (1864), ancienne résidence du premier duc de Santoña et Marquis de Manzanedo, héberge actuellement la Pinacothèque municipale et l’Office du Tourisme. C’est un édifice néo classique érigé par Juan de Manzanedo (1803-1831), d’origine humble qui fit fortune à Cuba, carrière qu’il acheva à son retour par des entreprises financières et du chemin de fer. La reine Isabel II lui otorga le titre de Marquis de Manzanedo et le roi Alfonso XII  le duché de Santoña. Manzanedo finança dans sa ville natale deux œuvres bénéfiques :un collège ou institut et un hôpital. L’Institut Marques de Manzanedo (1871) néo classique et dont la chapelle abrite le panthéon familial.

Encore une construction déclarée Bien d’Intérêt Culturel est le Palais de Chiloeches ou Maison de Maeda, construit par le marquis santoñais de Chiloeches aux débuts du XVIIIe : sur trois étages, façade en coussins, balcon courant et deux écus d’armes baroques.

Santoña possède son port de plaisirs et dans la baie diverses activités nautiques sont possibles, de même, des chemins de randonnées sont signalés dans le Mont Buciero, ainsi que la possibilité de voir des oiseaux migrateurs dans les marécages, plus toutes autres activités de loisirs dans la nature.

Le long de la Promenade Maritime et dans les alentours de la place San Antonio, vous trouverez maintes tavernes et restaurants  où il vous faudra absolument goûter aux célèbres anchois, et autres poisson de la mer cantabrique.

Au mois de septembre, au moment des fêtes de la Patronne de la Ville, les habitants embarquent la Vierge du Port dans une procession maritime et organisent tous types de festivités: régates de traineras, courses de taureaux, rencontres gastronomiques. Un autre moment de fêtes est le Carnaval Marin Fête d’Intérêt Touristique.