L'histoire d'Elantxobe est relativement récente,  elle s’articule autour de la création de son port en 1524. À ses débuts, Elantxobe était un quartier de l'Ibarrangelua voisin. A son origine ce n'était  rien d’autre que quelques maisons de pêcheurs disposées en haut du mont. Tous les jours, les habitants  devaient en descendre par le flanc de la colline pour rejoindre le port et ensuite la remonter pour rentrer chez eux.  Ils ont donc commencé à construire de nouvelles maisons à flanc de colline et ainsi être plus près du port. De cette façon, la structure de la ville actuelle s’est progressivement façonnée.

Elantxobe a acquis une certaine importance en tant que noyau défensif côtier au cours du XVIIe siècle. A cette époque, il y avait déjà une confrérie de pêcheurs, ce qui prouve l’activité de leur petit port. Le hameau croissant, des travaux furent entrepris sur le quai, le renforçant pour freiner les attaques de la mer.

En 1833, Elantxobe devint indépendant de Ibarrangelua et obtint siège et  vote dans les Assemblées de Gernika, sous le Numéro 113.

Selon la tradition, le village participa comme juge lors de la régate que disputèrent Mundaka et Bermeo pour décider la propriété de l’Île de Ízaro toute proche.

Elantxobe est l'une des 19 communes qui composent la réserve de la biosphère d' Urdaibai. Le plus grand patrimoine de la ville est donc son environnement naturel, avec ses falaises, ses montagnes et sa côte. À partir des différents points d'observation situés dans la partie supérieure de la municipalité, depuis le mont Ogoño, le visiteur peut jouir d'excellentes vues sur ce paysage.

La orographie d’ Elantxobe lui donne un aspect pittoresque avec ses rues escarpées et étroites, ponctuées de petites maisons basques traditionnelles, qui coexistent avec d'autres de style néoclassique. Toutes sont orientées vers la mer et beaucoup d'entre elles ont des galeries vitrées. L’espace est si restreint que, pour que l'autobus puisse faire demi-tour dans le village, un rond-point a  du être construit qui, au moyen d'un levier, tourne automatiquement, évitant ainsi au conducteur de faire des manœuvres inutiles dans un espace si réduit

Il faut absolument voir le port de’ Elantxobe, l’une de ses principales attractions touristiques et son image la plus représentative. Toute son activité, la pêche s’y concentre, avec des bateaux de diverses couleurs.

Dans le village, l'église de San Nicolás de Bari est l'un de ses principaux monuments. Dédiée au patron des marins, elle fut construite en 1803 avec le suffrage de la Guilde des pêcheurs. Une église maritime typique, dont le plus remarquable est son retable baroque.

Le long de la rue principale  il y a quelque bâtiments néoclassiques, parmi lesquels l'Hôtel de Ville (19ème siècle) et, en particulier, la belle Casa Torre Nagusia, une vieille tour adaptée en logements avec des galeries vitrées.