Le Dolmen de Can Mira démontre une occupation des terres depuis le lointain Néolithique. Les ibères s’installèrent sur un promontoire au VIe siècle av. J.C.au lieu connu comme San Sebastian. Les romains à partir du IIe siècle Av. J.C. préférèrent Llafranc à San Sebastian y créant une certaine prospérité jusqu’au IVe siècle grâce aux productions de vins et de céramique. De leur présence nous restent des vestiges de villas, un pressoir à vin et une cave.
Avec l’arrivée des wisigoths au Ve siècle, Palafrugell (mot d’origine germanique basé sur la racine palau= maison fortifiée) prendra de l’importance. Ce nom apparait pour la première fois en 988.
En 1194, le roi Alfonso I d’Aragon cède le fief à l’Ordre Militaire des chevaliers du Saint Sépulcre, le prieuré de Santa Ana (à Barcelone) les nommant administrateurs des terres, ce qui sera maintenu jusqu’aux débuts du XIXe siècle
À partir du XVe siècle, comme pour toute la côte catalane, les attaques des pirates se multiplièrent, mais Palafrugell et Vila Seca, se verraient entourées de murailles et tout le long de la côte, on construirait une quinzaine de tours de guet pour communiquer la présence des envahisseurs (parmi lesquelles la Tour de San Sebastian (1441) à Llafranc). Ce qui évita les cruelles mises à sac et incendies subis par les villages des environs. Mais l’insécurité retarda le développement démographique et économique, car la menace d’un débarquement dissuadait de tout établissement de populations et de ports sur la côte : Les gens vivaient dans des cabanes avec leurs barques de pêche à côté.
En 1638, l’armée royale installa plus de trois cents soldats dans la localité (ce dont elle était exempte par le privilège royal de 1271). Les frais et les problèmes causèrent le soulèvement du 20 juillet qui entraina une répression sans proportions, dont la mise à sac et l’incendie.

Calella de Palafrugell dans une anciene photographie
La Guerre dels Segadors dévasta la population, désastre qui fut fortement aggravé par l’épidémie de peste de 1652 qui causa 230 morts. À partir de 1705, le soulèvement contre Felipe V provoque neuf ans de guerres avec une invasion française en appui de la nouvelle dynastie. Le conflit passé, une période d’expansion s’établit grâce à la commercialisation du liège et la possibilité d’exporter en Amérique, existant alors dans la cité une trentaine de fabrique vers la moitié du XIXe siècle.
L’invasion napoléonienne et les Guerres Carlistes retardèrent l’essor de la population restant toute fois la production de liège comme un grand atout car s’y fonda en 1900, la plus grande entreprise d’Espagne.