Le 75 av.J.C. le général romain Cneo Ponpeyo Magno fonda Ponpaelo sur les terres de la ville actuelle. Les vascons avaient non loin un village de nom Iruña (connu aussi sous le nom de Bengoda). Sous les Visigoths, Pampelune fut siège épiscopal.
Après l’invasion musulmane de 711, plusieurs incursions militaires des francs apporteront à la ville militaires et population, jusqu’à en faire un point important de la dénommée «Marca Hispanica» (frontière entre l’empire Carolingien et Al Andalous). Le temps passant, ce centre chrétien conserve de bonnes relations politiques et commerciales avec la dynastie musulmane des Banu Qasi, installée sur les rives de l’Ebre. Au IXe siècle, le caudillo Iñigo Arista se sent suffisamment fort pour s’auto-proclamer premier monarque du Royaume de Pampelune.
À partir du Xe siècle, la ville s’accroit grâce à l’arrivée d’immigrants francs qui constituent une nouvelle et florissante caste bourgeoise d’artisans et marchands. Pampelune se trouve divisée en trois bourgs qui ne font que rivaliser entre eux. Dans la Navarreria vivaient les premièrs nœuds de peuplement: une noblesse rurale avec l’évêché (qui recherchaient l’appui de la Castille). La bourgeoisie d’origine franque se concentrait dans les bourgs de San Cernin et San Nicolas. Cette rivalité éclata en 1276 avec la Guerre de la Navarreria, parce que le vice roi français Eustache Beaumarchais manqua aux «fueros» (lois régionales) de los navarrais, ce qui provoqua leur rébellion. Une armée française prit d’assaut la navarreria, tuant la population, mettant le bourg et la cathédrale à sac, incendiant le tout. Il fallut attendre jusqu’à 1324 pour reconstruire dans les parages. En 1423, Carlos III le Noble, fit l’union des trois bourgs de la ville de Pampelune par le Privilège de l’Union.
Lors des guerres entre la dynastie navarrais Albret et les agromontais face aux castillans et beamontais, Pampelune passa plusieurs fois des uns aux autres. Prise en 1512 par les derniers, ils commencent la construction d’une forteresse. Le 20 mai, le jeune chevalier Iñigo de Loyola (du parti pro castillan des Oñaz) était de garde sur la muraille où manquaient encore les créneaux protecteurs lorsqu’il fut blessé par une boule de canon. La place forte se rendit deux jours plus tard aux français et agromontais, le blessé commença un dur chemin de retour vers la tour familiale de Azpeitia où commencerait sa transformation jusqu’à devenir Saint Ignace de Loyola.
Après la reconquête castillane, on termine les défenses imposantes de Pampelune dont l’efficacité fut prouvée en 1794 par leur résistance au siège français pendant la Guerre de la Convention. En février 1808, la citadelle se rendit aux français, alors alliés, demeurant sous leur pouvoir pendant cinq ans.

Quartier de la Rochapea
Au cours des guerres carlistes du XIXe, malgré le fait que l’ensemble des navarrais était du parti des carlistes, Pampelune resta tout le temps aux mains du gouvernement central, d’idéologie libérale. Mais en 1893 dans la ville se forma un mouvement massif de protestation populaire (la Gamazada) face à l’initiative du libéral German Gamazo pour faire tomber le régime fiscal des lois de Navarre.